بیرق بقیع «یا باقرالعلوم» با الهام از پنجره‌های بقیع طراحی و به نام مبارک «باقرالعلوم» مزین شده است. روی این بیرق تصویر سه کبوتر دیده می‌شود که نشانه‌ای از کبوتران قبرستان بقیع است. استاد روح‌الله ابوالفضلی زحمت خوش‌نویسی نام حضرت را کشیده‌اند. این بیرق به‌شیوۀ چاپ سابلیمیشن روی پارچۀ مخمل آبی‌رنگ تولید شده و پس از دوردوزی کامل، بخش پایینیِ آن ریشه‌بافی شده است. اندازۀ این بیرق ١۴٠در۵٠سانتی‌متر است.